A PES 2016-ban teljes és alapos átalakításon esett át továbbá a Master League játékmód, és rengeteg változásra számíthatunk a grafika terén is, amelynek során a közvetlen elődhöz képest háromszor több új animáció került alkalmazásra. Abszolút újdonságként megjelenik a dinamikus időjárás, aminek hála egy napsütéses mérkőzésen bármikor eleredhet az eső. Mindez akár a meccs végeredményét is megfordíthatja, hiszen a vizes füvön másként viselkedik majd a labda, de a játékosok is sokkal esetlenebbé válnak.