Az új szezonban a készítők finomítottak a mesterséges intelligencián és a fizikán, így a játékosok valószerűen ütköznek, ezeknek pedig következményei is lesznek. Mindeközben az új mozdulatokkal lényegesen változatosabb cseleket és mutatványokat tudunk kivitelezni a meccseken, de a labda is a lehető legélethűbben viselkedik a pályán.

A PES 2016-ban teljes és alapos átalakításon esett át továbbá a Master League játékmód, és rengeteg változásra számíthatunk a grafika terén is, amelynek során a közvetlen elődhöz képest háromszor több új animáció került alkalmazásra. Abszolút újdonságként megjelenik a dinamikus időjárás, aminek hála egy napsütéses mérkőzésen bármikor eleredhet az eső. Mindez akár a meccs végeredményét is megfordíthatja, hiszen a vizes füvön másként viselkedik majd a labda, de a játékosok is sokkal esetlenebbé válnak.